A világ kedvenc kék sündisznója visszatér egy újabb kalandra. Miután Sonic Green Hillsben letelepedett, alig várja, hogy bebizonyítsa, megvan benne minden, ami ahhoz kell, hogy igazi hős legyen. A próbára akkor kerül sor, amikor Dr. Robotnik visszatér, és ezúttal új partnere van, Knuckles, aki egy olyan smaragdot keres, amely képes elpusztítani a civilizációkat. Sonic saját segítőtársával, Tailsszel együtt indul el egy bolygón átügető utazásra, hogy megtalálják a smaragdot, mielőtt az rossz kezekbe kerülne.