Mint emlékezetes, hőseink _ Alex, az oroszlán, Marty, a zebra, Melman, a zsiráf és Gloria, a víziló -, ha nem is önszántukból, de Afrikába tartottak, amikor Madagaszkár partjainál hajótörést szenvedtek. A négy született New York-i állatkerti lakos így került a címadó szigetre. Megannyi kaland után most arra készülnek, hogy tényleg átrándulnak a fekete földrészre. Helyrepofozzák a régi repülőgéproncsot, amellyel sikerül eljutniuk a kies szavannára, ahol találkoznak szabadon élő rokonaikkal. Miközben a gyökereiket keresik, rájönnek, mi a különbség a beton- és az afrikai dzsungel között.