A szenzációs Mátrix-trilógia második része: Neo (Keanu Reeves) és Trinity (Carrie-Anne Moss) csatlakoznak Morpheushoz (Laurence Fishburne) a Zionba vezető útján. Zion az utolsó szabad emberek lakta kolónia, ahol Neóra megváltóként tekintenek. Neo és Trinity szerelme itt talán megvalósulhat, de útra kell ismét kelniük, hogy küldetésüket beteljesítsék. Neo visszatér a Mátrixba és felkeresi az orákulumot, aki elmondja neki, hogy csak akkor mentheti meg az emberiséget, ha eljut a Forráshoz. Azonban csak a Kulcskészítő segítségével érheti el, ami egy program, amit egy másik, az egyik legrégebbi program tart fogva: Merovingin. A Mátrixban természetesen már várták Neo felbukkanását. Smith ügynök (Hugo Weaving) készen áll, hogy újra megküzdjön régi ellenfelével. Sőt, nem is egyetlen Smith ügynök, hanem megszámlálhatatlan...